Film opowiada historię dwóch przyrodnich sióstr, które od lat są w konflikcie. Kobiety prawie się nie znają, od dawna nie miały ze sobą kontaktu – aż do chwili, gdy zostają zmuszone do ponownego spotkania w jednym, desperackim celu: muszą wyruszyć do Ukrainy, by odebrać ciężko rannego ojca. Ich podróż zaczyna się w Warszawie i prowadzi w stronę ogarniętych walkami okolic Charkowa.

Podróżują samochodem, potem pociągiem, a na końcu są zmuszone iść pieszo. W miarę jak posuwają się naprzód, świat wojny odsłania się przed nimi coraz wyraźniej. Stają wobec obrazu zniszczonej Ukrainy – widzą zbombardowane domy, wypalone bloki mieszkalne i przerażające szczątki spalonych czołgów. W okolicach Charkowa ich niebezpieczna podróż nagle przybiera dramatyczny obrót: nieświadomie przekraczają linię frontu i trafiają na tereny okupowane przez Rosjan – miejsce ogromnego zagrożenia. Tu muszą zmierzyć się z brutalną rzeczywistością konfliktu.

Film stawia krytyczne pytania o ich misję i relację: czy uda im się odnaleźć ojca w chaosie? A jeszcze głębiej – czy w świecie wojny jest miejsce na miłość i przebaczenie? Obraz ukazuje nowy, dramatyczny rodzaj braterstwa Polaków i Ukraińców, zrodzony w tych tragicznych okolicznościach. Tytułowe „Dwie siostry” są w końcu silną metaforą – nie tylko dwóch kobiet na trudnej drodze do pojednania, lecz także narodów Polski i Ukrainy.